您问的患特殊疾病且在公司工作不满5年的医疗期计算问题，核心在于结合您的实际工作年限与本单位工作年限。以下是具体分析：
一般情况下，患特殊疾病在公司工作不满5年的医疗期，主要取决于您的实际工作年限。

1. 若您的实际工作年限在十年以下：
在本单位工作年限不满五年的，医疗期为三个月。
2. 若您的实际工作年限在十年以上：
在本单位工作年限不满五年的，医疗期为六个月。
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在计算患特殊疾病且在公司工作不满5年的医疗期时，存在一些特殊情况或例外情形，这些情形可能会对医疗期的处理产生影响：
1. 地方特殊疾病医疗期延长规定： 某些地方政府可能针对如癌症、精神病、瘫痪等特殊疾病，在国家规定的医疗期基础上，出台了可以适当延长医疗期的规定，或者规定了最低医疗期标准。例如，有的地方规定患上述特殊疾病的职工，医疗期可以根据实际情况延长至24个月，即使其工作年限按照国家规定计算不足24个月。这种情况下，您的医疗期处理就会适用地方的特殊规定，获得更长的医疗期保护。
2. 双方协商一致延长医疗期： 如果用人单位与您协商一致，同意在法定医疗期的基础上，根据您所患特殊疾病的治疗需要，适当延长医疗期。这种协商一致的结果也是一种例外情形，此时您的医疗期时长将以双方约定为准，但约定不得违反法律的强制性规定，且应有利于劳动者。
3. 医疗期与病假工资、劳动合同解除的关联： 虽然这不是直接计算医疗期时长的例外，但特殊疾病可能导致医疗期满后仍无法从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作。此时，单位在解除劳动合同时，需要履行额外的程序（如提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资），并支付经济补偿。这会影响到医疗期满后双方劳动关系的处理方式。

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